為了控制自然環境中的總磷含量，我國在《水污染防治行動計劃》中將總磷納入基本總量排放控制和重點監測污染物，總磷在線分析儀作為主要監測總磷的儀器，其準確性和可靠性關系到總磷監測數據的真實性，數據質量對監測結果至關重要。但是總磷在線分析儀使用中時常會遇到一些問題，如果總磷在線監測儀檢測不準確時該怎么辦呢？
總磷在線分析儀在使用中存在的問題主要是波長選擇不當和顯色不充分問題。我國標準方法都使用700nm 比色測定，但是在總磷在線監測中使用的雜多酸在690 ～ 730nm 有明顯的寬系數峰，最大峰值在710nm。而且我國湖泊各不相同，所以需要不同的波長，不能用同樣的波長，使結果出現誤差，所以在進行總磷在線監測的時候要先對樣品進行處理和統計，選擇合適的波長。
而且總磷在線分析儀使用磷鉬雜多酸法顯色時會受到溶液的配置和溫度的影響。不同的試液溫度會導致完全不同的顯色速度，從而產生完全不同的總磷監測數據。溶液的配置方法不對，也會造成顯色不穩定，從而造成監測結果出現錯誤。
為解決總磷在線分析儀檢測中波長選擇不當問題，可根據水樣的不同，選擇不同波長。在測定低含量磷時可使用710nm，而測定高濃度磷時，為了減少水樣稀釋的操作或避免引入稀釋誤差，可選用680 ～ 750nm波長測定。為解決總磷在線分析儀顯色不充分問題，應控制試液的溫度和保證鉬酸銨溶液的合理配置。如果顯色水樣溫度低于15攝氏度，顯色很慢且不完全，一般在20攝氏度以上較好，最好將標準系列和水樣在20 ～ 30攝氏度水浴中顯色15min。而且在配制鉬酸銨溶液時不應將其緩緩倒入硫酸溶液中，如果這樣做，反而會使顯色不充分。
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